In die Bayerische Denkmalliste sind im Moment (Stand November 2015) nur folgende Objekte im Bereich des Hauptbahnhofs eingetragen: Das Relief an der Ostseite, die Gleishalle von 1958-60 und der Starnberger Flügelbahnhof, darüber hinaus das Postamt (jetzt Hotel in der Bayerstraße), der Eckpavillon des ehemaligen Holzkirchner Bahnhofs, die Hackerbrücke, das ehem. Verkehrsministerium (Teilstück), das ehem. Bundesbahn-Zentralamt, das ehem. Warenhaus Tietz, das ehem. Telegraphenamt und das ehem. Hotel Stadt Wien. Der Bahnhofplatz ist weder als Einzeldenkmal noch als Ensemble in der Denkmalliste verzeichnet.
Bekanntlich planen Stadt und Bahn gemeinsam die Ersetzung des bisherigen Hauptbahnhofs und des Starnberger Flügelbahnhofs durch ein viel kritisiertes Milliardenprojekt. „Ein Mega-Projekt, das mindestens doppelt so viel kostet wie Stuttgart 21“, so DB-Bauvorstand Rolf Reh. Das Projekt wird z.B. in dem „Leporello“ der Stadt München vom Oktober 2015 vorgestellt („Der neue Hbf und seine Vorplätze“, pdf); allgemeinverständlich werden in der Süddeutschen Zeitung vom 29. Oktober 2015 offene Fragen beantwortet. Bei allen Planungen, bei der Auslobung des Wettbewerbs und beim Preisgericht spielten Fragen des Denkmalschutzes ausweislich diverser uns vorliegender Unterlagen keine Rolle. Zum Thema Denkmalschutz erklärte Architekt Moritz Auer am 19. Oktober 2015, dass es bei der Ausschreibung keine Aufgabe gewesen sei, Teile des alten Gebäudes zu erhalten (siehe Bericht der Abendzeitung vom 20. Oktober 2015).
Den Neubauplanungen würden große Teile der erhaltenswerten Bauten zum Opfer fallen. So soll etwa der bereits jetzt in die Denkmalliste eingetragene Starnberger Flügelbahnhof komplett einer Neubebauung mit Hochhausturm weichen. Für die Bahn als Investor gelte Vertrauensschutz, heißt es von der Stadt, nachdem die Neubaupläne älter sind als der Eintrag des neoklassizistischen Gebäudes in die Denkmalliste. Die bis heute erhaltenen, mal deutlich sichtbaren, mal verborgenen Teile des historischen Bürklein-Bahnhofs und der Erweiterungsbauten unter Jakob Graff aus den 1870er/80er Jahren sollen ebenfalls restlos abgeräumt werden. Damit würden auch die markanten Kopfbauten an der Arnulfstraße und der Bayerstraße zerstört. Die den Bahnhofsplatz prägende, und durch jahrelange Untätigkeit in Mitleidenschaft gezogene Fassade des Hauptgebäudes, die 1955-1960 von Heinrich Gerbl geschaffen wurde, soll komplett verschwinden. Das denkmalgeschützte Plattenrelief über dem heutigen Haupteingang würde ebenso wie die markante schwarze Uhr Verwendung im Neubau finden. Einzig die denkmalgeschützte Gleishalle samt Grundig-Schriftzug bliebe nahezu unverändert.